Los conocimientos de los que dispone el Equipo del Museo sobre dinámica de poblaciones, organización social y otros aspectos ecoetológicos es de suma utilidad a la hora de definir estudios aplicados a la gestión de poblaciones protegidas o especies plaga.
Los estudios del Museo se han centrado principalmente en tres especies: la paloma doméstica, la cotorra de pecho gris (Myiopsitta monachus) y la gaviota argéntea (Larus argentatus).
Los esfuerzos se centran en el desarrollo de métodos de censo fiables, el estudio de los factores clave que determinan la distribución y abundancia de las distintas especies en estudio y la estimación de los posibles daños ocasionados.
El Museo trabaja en estos temas bajo contrato o convenio con otras instituciones, proporcionando respuestas y soluciones eminentemente prácticas a los distintos problemas planteados. En el caso de las palomas, por ejemplo, los estudios del Museo han puesto de manifiesto que el control de la población por eliminación de individuos no repercute de forma significativa en el tamaño de la misma, debido mayoritariamente a la presencia de mecanismos compensatorios como el aumento de la tasa reproductiva y la redistribución de los individuos en el espacio.