Las exposiciones temporales del Museo permiten comprender mejor temas concretos relacionados con las ciencias naturales y profundizar en ellos. Incluyen desde cuestiones de actualidad científica y social en el ámbito de las ciencias naturales, la historia de la ciencia, la biodiversidad y la naturaleza hasta disciplinas como el arte, la historia y la fotografía, entre otras.
El Museo dedica 1.000 metros cuadrados a exposiciones temporales, repartidos en dos espacios, uno de 700 metros cuadrados y uno de 250 metros cuadrados (espacio denominado Ciencia y más) que se pueden subdividir para presentar más de una muestra, según las necesidades de la programación.