Els coneixements de què disposa l’equip del Museu sobre dinàmica de poblacions, organització social i altres aspectes ecoetològics és de summa utilitat a l’hora de definir estudis aplicats a la gestió de poblacions protegides o espècies plaga.
Els estudis s’han centrat principalment en tres espècies: el colom domèstic, la cotorra de pit gris (Myiopsitta monachus) i el gavià argentat (Larus argentatus).
Els esforços se centren en el desenvolupament de mètodes de cens fiables, l’estudi dels factors clau que determinen la distribució i abundància de les diverses espècies en estudi i l’estimació dels possibles danys ocasionats.
El Museu treballa en aquests casos sota contracte o conveni amb altres institucions i proporciona respostes i solucions eminentment pràctiques als diferents problemes plantejats. En el cas dels coloms, per exemple, els estudis del Museu han posat de manifest que el control de la població per eliminació d’individus no repercuteix de forma significativa en la grandària de la població, a causa majoritàriament de la presència de mecanismes compensatoris com ara l’augment de la taxa reproductiva i la redistribució dels individus en l’espai.